Duża część obszaru gminy to rozległe doliny rzeczne przepływających cieków: Witówki, Witówki I, Witówki II (zwanej Trytwą), Witkówki, Kostrzynia. Wszystkie wymienione wyżej rzeki stanowią za pośrednictwem Kostrzynia dopływ Liwca, Bugu i Wisły. Jednak nie tylko one są odpowiedzialne za odwadnianie terenu gminy Mrozy. Na południe od linii wyznaczonej przez miejscowości Lipiny Jeruzal Podciernie (gmina Cegłów) wody gminy Mrozy kierowane są do rzeki Świder i nią do Wisły. Najważniejszy kanał dla tego obszaru rozciąga się wzdłuż granicy z gminą Latowicz.
Rzeki Kostrzyń oraz Witówka posiadają charakter cieku uregulowanego z rozbudowaną siecią rowów melioracyjnych. Naturalny charakter cieku zachowuje przepływająca przez Mrozy Witówka II oraz przepływająca przez Gójszcz Witkówka.
W wyniku piętrzenia rzeki Witówka II w Mrozach oraz w Rudce zostały utworzone zbiorniki wodne. Jednym z nich jest zbiornik retencyjny w Mrozach odbudowany przez gminny samorząd w 2008 r. na miejscu dawnego, zdewastowanego zbiornika wodnego w sąsiedztwie stadionu sportowego. Obok funkcji retencyjnej zbiornik wykorzystywany jest do celów rekreacyjnych. Służyć temu jego rozwijające się otoczenie sportowo-rekreacyjne, obejmujące obecnie park, stadion z kompleksem boisk oraz stację tramwaju konnego.
W północno-wschodniej części gminy w rejonie wsi Gójszcz, pomiędzy pagórkowatymi wzniesieniami rozciągają się stawy, które dobrze widoczne z okalających je wzgórz nadają całej okolicy niepowtarzalny charakter. Są to głównie stawy hodowlane, ostatnio wykorzystywane również do celów rekreacyjnych. Ich obecność wraz z urozmaiconą rzeźbą terenu sprzyja powstawaniu zabudowy letniskowej. Kompleks stawów hodowlanych znajduje się również w południowo-wschodniej części gminy we wsi Dębowce. Zarówno stawy w Gójszczu jak i Dębowcach uznawane są w klasyfikacji przyrodniczej za obszary o randze krajowej. Oprócz stawów hodowlanych na terenie gminy spotkać można liczne oczka wodne, zbiorniki powyrobiskowe, jak te w zachodniej części Mrozów czy w północnej części wsi Jeruzal oraz stawy przydworskie w Kuflewie i Łukówcu.
Obszar gminy uznaje się za zasobny w wody podziemne. Wyróżnia się dwa poziomy użytkowe wodonośne wód słodkich: czwartorzędowe i trzeciorzędowe. Dominuje poziom czwartorzędowy. Ze względu na urozmaiconą rzeźbę terenu gminy zwierciadło wód gruntowych położone jest na różnej głębokości. W dolinach rzecznych poziom tych wód układa się na głębokości 1-2 m. Na terenach bezpośrednio sąsiadujących z dolinami rzecznymi zwierciadło wód zalega na głębokości 2-3 m. Zaś na obszarze wysoczyzn oraz terenów wyniesionych zwierciadło wód znajduje się znacznie głębiej, poniżej 3 m. Na przykład na terenie Woli Rafałowskiej głębokość zwierciadła wody może sięgać 13,3 m. Tak niski poziom zwierciadła wód gruntowych sprzyja rozwojowi budownictwa, ale nie sprzyja rozwojowi rolnictwa. Stąd wiele gleb na terenie gminy Mrozy, zwłaszcza tych położonych na wzniesieniach cierpi na okresowe susze, co zmusza do odchodzenia od rolniczego wykorzystywania tych terenów. Największe gospodarstwa rolne rozwijają się na bazie terenów położonych w obniżeniach i dolinach rzecznych.
Jakość wód na terenie gminy Mrozy stopniowo się poprawia. Wpływ na to ma głównie ekstensyfikacja rolnictwa, podnoszenie świadomości ekologicznej mieszkańców oraz działania inwestycyjne nastawione na ochronę środowiska. Ważną rolę w zapewnianiu dobrej jakości lokalnych wód spełnia gminna oczyszczalnia ścieków w miejscowości Mrozy. Mieszkańcy wszystkich miejscowości gminy Mrozy korzystają z wody na cele bytowo-gospodarcze dostarczanej im z gminnego wodociągu, którego ujęcie znajduje się we wsi Piaseczno w gminie Cegłów. Jakość dostarczanej wody spełnia wymagane normy wody do picia.